Fglio di agricoltori benestanti il giovane Giovanni nacque nella Repubblica di Lucca in un villaggio chiamato Diecimo, in gioventù fu dedito agli studi di medicina durante questo periodo si avvicinò alla spiritualità dei Savonarola, per alcuni anni sotto la direzione dei Padri Dominicani esercitò la professione di speziale nel suo paese natale, finché nel 1568 decide di prendere i voti e di dedicarsi così allo studio della teologia, venne investito della carica di sacerdote nel 15782 e assieme ad altri due sacerdoti diedero vita ad una congregazione, qui intrapresero l'insegnamento del catechismo fondando così la Chiesa di Santa Maria della Rosa di Lucca, dove i sacerdoti della Congrega dei Preti Riformati si dedicavano allo sviluppo e all'insegnamento delle giovani menti che giunsero numerosi, e dopo poco tempo la Congrega venne elevata ad ordine religioso per merito di Gregorio XV, assumendo l'attuale nome di Ordine dei Chierici Regolari della Madre di Dio,
una vittoria un successo che l'impetuoso Giovanni non poté godersi a lungo, poiché la sua mancanza di rispetto verso la Repubblica di Lucca e le successive accuse di disturbo di ordine pubblico, lo fecero espellere dalla Repubblica, e così trovò rifugio nella città eterna Roma.
Nel 1596 papa Clemente VIII nominò il Leonardi "visitatore apostolico" e commissario con l'incarico di riformare, le congregazioni benedettine di Montevergine, di Vallombrosa, e di Monte Senario; fu anche incaricato dal pontefice di dirimere una controversia tra il vescovo di Nola ed il viceré di Napoli relativa al Santuario della Madonna dell'Arco.
Durante la sua permanenza a Roma Giovanni ebbe modo di conoscere un suo conterraneo Filippo Neri al quale espresse la volontà di recarsi come missionario nelle Americhe cosa che gli fu sconsigliata, nel frattempo si presenta una nuova occasione per proseguire ciò che a Lucca si era interrotto: l'insegnamento e la successiva diffusione del cristianesimo nel mondo.
Al tempo in Vaticano c'era il prelato Juan Bautista Vives y Marja con il quale nacque un periodo di collaborazione dedita al riportare la fede nel paesi del Sudamerica, cosa che venne espressa in una lettera inviata a Papa Paolo V, insieme al prelato inoltre diede vita ad un movimento che dopo la sua morte avvenuta nel 1608 avrà il nome del Collegio Missionario di Propaganda.
Fu dichiarato venerabile da Clemente XI nel 1701 e venne beatificato il 10 novembre 1861 da Pio IX: Leone XIII volle nel 1893 che il suo nome fosse iscritto nel Martirologio Romano (cosa non ancora mai accaduta per i beati, ad eccezione dei pontefici); papa Pio XI lo canonizzò il 17 aprile 1938. L'8 agosto 2006 la Congregazione per il Culto Divino e la Disciplina dei Sacramenti, in forza delle facoltà concessele da Papa Benedetto XVI, lo ha proclamato Santo Patrono di tutti i farmacisti.
Memoria liturgica il 9 ottobre.
Auguri a tutti i Giovanni
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